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宝禄服务器用户手册（v1.0）宝禄网络服务器用户指南 v1.0 by baolu @20211117 网络服务器介绍 群集名字：宝禄BL-88144-P2-HPC （1）计算工作能力：总计算CPU关键144个（含管理方法节点） （2）电脑操作系统：centos 7.6向下兼容 （3）群集管理方法/作业生产调度：群集管理系统软件 （4）存储量：24T （5）管理：千兆管理 （6）两路CPU序列：3个计算节点： 每节点48个物理学关键/192G运行内存 1.2实际配备 1、管理方法节点/计算节点 管理/计算节点（4U） 2颗Xeon Platinum 8255C 最新版本CPU 2.5GHz 睿频3.9 24核48进程，配备密度高的四道通运行内存组192G RECC DDR4 2933快速运行内存，480G PCI-E 商业版SSD计算系统软件，配备 8TB私有云快速储存.适用阵列卡(RAID 0,1,10)，ITENL 2*1000M内嵌式控制板, 原装服务器电源850W。合乎 80 PLUS® Platinum 和 ENERGY STAR® 环保节能规范 2、计算机 台式电脑 CPU：i5 11500 散 6核12进程 热管散热器：九州风神400K 电脑主板：asus B560M-K 运行内存：金士顿16G DDR4 3200 C盘：金士顿480G M.2固态硬盘 显示屏：27寸AOC 机箱电源：航嘉机箱 航嘉400W 电脑显卡：asus1050Ti 4G 键盘和鼠标：罗技光学套服 1.3配套设施商品 8口全千兆 SFP 网口交换机1台 10GB 万兆网卡2张 千兆漏线2条 8口全千兆交换机1台 1.4在出厂预组装 系统软件：centos7.6 用户：baolu、baolu2
1.5计算手机软件： VASP（包括VTST、OPTCELL、VASPSOL，pNBO，SSAdNDP软件、Wannier、BEEF），VASPKIT，Materials studio 、qvasp、ShengBTE、Phonopy3py、BoltzTraP、lammps、cp2k 1.6 IPMI：账号ADMIN node0登陆密码MKTSNRUJRM node1密码 MCWXHQLXLA node2登陆密码 MKORHOOLQM 1.7内部网 IP： 192.168.1.100 node0 192.168.1.101 node1 192.168.1.102 node2 二、系统软件自然环境 2.1 硬件配置 依据用户必须，现阶段 baolu 网络服务器的基本配备为： 在其中：node0为管理方法节点，node1、node2为计算节点。
2.2 用户自然环境（各节点同样） 账号管理方法：root（登陆密码*********） baolu1（密码*****） baolu2（登陆密码*****）
依据用户必须，现阶段除root超级用户账号外，建立了 baolu，baolu1, baolu2账号。在其中，root为超级用户账号，baolu为系统软件布署账号，baolu1~2是一般账号。 用户网站根目录： baolu账号根目录为 /home/baolu baolu1~2账号的网站根目录为 /home/baolu1、/share/home/baolu2 2.3 软件开发平台 依据用户必须，已经提前组装如下所示手机软件： 系统软件： Vaspkit/1.3.0 P4vasp/0.3.30 Vtstscripts/978 Qvasp/2.2 MS/2019.1 Wannier/2.1.0 Boltztrap/1.2.5 Vasp/5.4.4 Shengbte/1.1.1 Alamode/1.1.0 cp2k/6.1 lammps/31Mar17-icc15-mpich3.3 编译程序专用工具： gcc编译器（系统软件默认设置，版本号为 gcc8.4 ) intelc语言编译器：intel/2019 mpi编译器：mpich/3.3.2-gcc4.8、mpich/3.3.2-icc15、impi/5.0.1.035、openmpi/4.4.1-gcc4.8 常见库： FFTW数学课库：fftw/3.3.8-gcc4.8 、fftw/3.3.8-gcc4.8-mpich3.3 MKL数学库：mkl/15.0.0 专用工具： cmake/3.20.3 p7zip/16.02 python自然环境：python/2.7_anaconda_5.3.1，python/3.8_anaconda_2021.05 用户可以按照本身每日任务要求，载入必须的系统软件并应用。 补充说明： 专业软件自然环境安装文件为：/share/soft，安装包部位为：/share/soft/pkgs，应用 baolu 账号开展编译程序组装。 因为手机软件依靠的编译程序、软件环境不完全一致，一部分运用对c语言编译器版本号也有规定，因此提议用户按需加上软件开发平台，而不是把全部运用所有载入（很有可能存有矛盾或bug）。 三、手机软件载入 系统系统变量已经组装实施在/home/baolu/.bashrc，它可以便捷的载入、卸载掉、转换系统软件自然环境，应用方法比较简单。 命令如下所示： source /home/baolu/.bashrc 应用vasp软件： 立即实行 vasp 指令就可以，提议相互配合下边详细介绍的 PBS 作业智能监控系统，应用作业递交脚本制作开展作业递交。 四、作业管理方法 本群集应用 torque PBS 作业智能管理系统，常见脚本制作介绍如下所示： （1）vasp脚本制作 #!/bin/bash #PBS -l nodes=node2:ppn=8 特定节点2，用8核计算 #PBS -l walltime=1500:00:00 #PBS -j oe #PBS -q batch #PBS -V cd /share/test/kong mpirun -np 8 vasp_std > out （2）跨节点并行处理计算 #!/bin/bash #PBS -l walltime=1500:00:00 #PBS -j oe #PBS -q batch #PBS -V cd /data/H2O mpirun -machinefile mfile vasp_std > out 备注名称： 1、-machinefile为跨节点并行处理计算指令 2、在作业文件目录下建立mfile文档，并在里面载入(特定node1和node2节点各用20核计算）： node1:20 node2:20 网络服务器应用常见问题 启动次序：先管理方法节点后计算节点 待机次序：先计算节点后管理方法节点 计算节点重新启动后，假如认不上共享资源储存盘，输入您：mount -t nfs node0:/share /share 六、服务支持 宝禄网络服务器会给予连续的服务支持工作中，用户有系统软件硬件配置、手机软件层面的需求时，可以在线留言。联系电话为： 手机：0752-7897707 电子邮箱：156449799@qq.com ... |
