宝禄服务器

宝禄服务器用户手册(v1.0)

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作者:baolu来源:宝禄计算

宝禄网络服务器用户指南

v1.0 by baolu @20211117

网络服务器介绍

群集名字:宝禄BL-88144-P2-HPC

(1)计算工作能力:总计算CPU关键144个(含管理方法节点)                                                           

(2)电脑操作系统:centos 7.6向下兼容                                                                                         

(3)群集管理方法/作业生产调度:群集管理系统软件

(4)存储量:24T                                                                                             

(5)管理:千兆管理                                                                                                   

(6)两路CPU序列:3个计算节点: 每节点48个物理学关键/192G运行内存

1.2实际配备

1、管理方法节点/计算节点

管理/计算节点(4U)

2颗Xeon Platinum 8255C 最新版本CPU 2.5GHz 睿频3.9 24核48进程,配备密度高的四道通运行内存组192G RECC DDR4 2933快速运行内存,480G PCI-E 商业版SSD计算系统软件,配备 8TB私有云快速储存.适用阵列卡(RAID 0,1,10),ITENL 2*1000M内嵌式控制板, 原装服务器电源850W。合乎 80 PLUS® Platinum 和 ENERGY STAR® 环保节能规范

2、计算机

台式电脑

CPU:i5   11500 散 6核12进程

热管散热器:九州风神400K   

电脑主板:asus B560M-K   

运行内存:金士顿16G   DDR4 3200   

C盘:金士顿480G   M.2固态硬盘   

显示屏:27寸AOC

机箱电源:航嘉机箱 航嘉400W   

电脑显卡:asus1050Ti   4G

键盘和鼠标:罗技光学套服   

1.3配套设施商品

8口全千兆 SFP 网口交换机1台

10GB 万兆网卡2张

千兆漏线2条

8口全千兆交换机1台

1.4在出厂预组装

系统软件:centos7.6

用户:baolu、baolu2

       

1.5计算手机软件:

VASP(包括VTST、OPTCELL、VASPSOL,pNBO,SSAdNDP软件、Wannier、BEEF),VASPKIT,Materials studio 、qvasp、ShengBTE、Phonopy3py、BoltzTraP、lammps、cp2k

1.6 IPMI:账号ADMIN  

       node0登陆密码MKTSNRUJRM

      node1密码 MCWXHQLXLA

      node2登陆密码 MKORHOOLQM     

1.7内部网 IP:   

192.168.1.100 node0

192.168.1.101 node1

192.168.1.102 node2

二、系统软件自然环境

2.1 硬件配置

依据用户必须,现阶段 baolu 网络服务器的基本配备为:

在其中:node0为管理方法节点,node1、node2为计算节点。

   

2.2 用户自然环境(各节点同样)

账号管理方法:root(登陆密码*********)

          baolu1(密码*****)

          baolu2(登陆密码*****)

         

依据用户必须,现阶段除root超级用户账号外,建立了 baolu,baolu1, baolu2账号。在其中,root为超级用户账号,baolu为系统软件布署账号,baolu1~2是一般账号。

用户网站根目录:

baolu账号根目录为 /home/baolu

baolu1~2账号的网站根目录为 /home/baolu1、/share/home/baolu2

2.3 软件开发平台

依据用户必须,已经提前组装如下所示手机软件:

系统软件:

Vaspkit/1.3.0

P4vasp/0.3.30

Vtstscripts/978

Qvasp/2.2

MS/2019.1

Wannier/2.1.0

Boltztrap/1.2.5

Vasp/5.4.4

Shengbte/1.1.1

Alamode/1.1.0

cp2k/6.1

lammps/31Mar17-icc15-mpich3.3

编译程序专用工具:

gcc编译器(系统软件默认设置,版本号为 gcc8.4 )

intelc语言编译器:intel/2019

mpi编译器:mpich/3.3.2-gcc4.8、mpich/3.3.2-icc15、impi/5.0.1.035、openmpi/4.4.1-gcc4.8

常见库:

FFTW数学课库:fftw/3.3.8-gcc4.8 、fftw/3.3.8-gcc4.8-mpich3.3

MKL数学库:mkl/15.0.0

专用工具:

cmake/3.20.3

p7zip/16.02

python自然环境:python/2.7_anaconda_5.3.1,python/3.8_anaconda_2021.05

用户可以按照本身每日任务要求,载入必须的系统软件并应用。

补充说明:

专业软件自然环境安装文件为:/share/soft,安装包部位为:/share/soft/pkgs,应用 baolu 账号开展编译程序组装。

因为手机软件依靠的编译程序、软件环境不完全一致,一部分运用对c语言编译器版本号也有规定,因此提议用户按需加上软件开发平台,而不是把全部运用所有载入(很有可能存有矛盾或bug)。

三、手机软件载入

系统系统变量已经组装实施在/home/baolu/.bashrc,它可以便捷的载入、卸载掉、转换系统软件自然环境,应用方法比较简单。

命令如下所示:

source /home/baolu/.bashrc

应用vasp软件:

立即实行 vasp 指令就可以,提议相互配合下边详细介绍的 PBS 作业智能监控系统,应用作业递交脚本制作开展作业递交。

四、作业管理方法

本群集应用 torque PBS 作业智能管理系统,常见脚本制作介绍如下所示:

(1)vasp脚本制作

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=node2:ppn=8      特定节点2,用8核计算

#PBS -l walltime=1500:00:00

#PBS -j oe

#PBS -q batch

#PBS -V

cd   /share/test/kong

mpirun -np 8 vasp_std > out

(2)跨节点并行处理计算

#!/bin/bash

#PBS -l walltime=1500:00:00

#PBS -j oe

#PBS -q batch

#PBS -V

cd /data/H2O

mpirun -machinefile mfile vasp_std > out

备注名称:

1、-machinefile为跨节点并行处理计算指令

2、在作业文件目录下建立mfile文档,并在里面载入(特定node1和node2节点各用20核计算):

   node1:20

   node2:20

网络服务器应用常见问题

启动次序:先管理方法节点后计算节点

待机次序:先计算节点后管理方法节点

计算节点重新启动后,假如认不上共享资源储存盘,输入您:mount -t nfs node0:/share /share

六、服务支持

宝禄网络服务器会给予连续的服务支持工作中,用户有系统软件硬件配置、手机软件层面的需求时,可以在线留言。联系电话为:

手机:0752-7897707

电子邮箱:156449799@qq.com

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