PBS作业脚本解释

PBS任务脚本包括两部分

shell说明语句：用来说明用户使用的是哪种shell

pbs提示语句：pbs指示语句是用户用来请求任务运行时所需的资源或设置任务的一些属性的。以#PBS开头

例如作业脚本：

#!/bin/bash

#PBS -N he

#PBS -l nodes=1:ppn=4

#PBS -l walltime=1500:00:00

#PBS -j oe

#PBS -q batch

source /public/software/profile.d/mpi_openmpi-intel-2.1.2.sh

nodecpu=’cat /proc/cpuinfo|grep processor|wc -l’

Id=’echo $PBS_JOBID | awk -F. ‘{print $1}’’

NP=’cat $PBS_NODEFILE|wc -l’

echo “The Jobbed is $id”

echo “Worker dir is $PBS_O_WORKDIR”

cat $PBS_NODEFILE

echo “begin time is ‘date’”

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 4 vasp_std

echo “End time is ‘date’”

重点参数解释：

#PBS -N 用于指定提交作业名称，he为作业名称（首字符为字母，无空格）

#PBS -l 表示申请资源列表；nodes=1:ppn=4表示申请1个节点，每个节点4个cpu核；walltime为估计最大运算时间，1500：00：00表示设置为1500小时0分0秒。如果没有设置这项，系统会自动按所在队列默认处理，超时系统会自动中断作业（特别注意）

#PBS -q 表示当前任务选用的队列，batch是这次作业选用的队列。系统中有哪些队列可以用qstat -q查看。

#PBS -j 表示系统输出，oe表示标准错误输出和标准输出

source /public/software/profile.d/mpi_openmpi-intel-2.1.2.sh   

表示openmpi生效

nodecpu=’cat /proc/cpuinfo|grep processor|wc -l’   

反引号内为计算系统可用的cpu核数目，然后赋值给变量nodecpu

NP=’cat $PBS_NODEFILE|wc -l’              计算申请的CPU核数量，赋值给NP

echo “The Jobbed is $id”                 输出字符串The Jobbed is和作业id

echo “Worker dir is $PBS_O_WORKDIR”     输出字符串worker dir is和脚本所在路径

cat $PBS_NODEFILE                        输出作业所用计算节点的主机名

echo “begin time is ‘date’”                输出作业开始时间

cd $PBS_O_WORKDIR                      进入所在的路径

mpirun -np 4 vasp_std                      表示使用mpirun命令用4个核开始运行可执行文件进行计算

echo “End time is ‘date’”                  输出作业停止时间