简介 NAMD是一种平行分子动力学代码，设计用于大型生物分子系统的高性能模拟。 利用Charm ++并行编程框架，NAMD可以扩展到几个核心，用于典型的仿真，超过500,000个核心，用于最大的仿真。
使用此系统编写的程序在具有或不具有共享内存的MIMD计算机上运行不变。 它提供了高级机制和策略，以促进开发甚至高度复杂的并行应用程序的任务。
有关Charm ++或NAMD的更多信息，请分别访问 Charm++ 或 NAMD 网站。
版本信息 这些说明着重于为多节点，多核平台构建NAMD。出于此构建的目的，使用以下组件：
序号 组件 版本 1 NAMD Version 2.12 2 Charm++ Version 6.7.1 3 GNU Compiler Version 4.9.3 4 MPICH Version 3.2.1
编译器配置 bash
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 export PATH=/usr/local /bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local /bin:$LD_LIBRARY_PATH export PATH=/usr/local /mpi3/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local /mpi3/lib:$LD_LIBRARY_PATH export CC=gccexport CXX=g++export FC=gfortran
下载源码包 bash
1 2 3 4 5 BUILD_DIR=~/NAMD cd $BUILD_DIR wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.12/download/832164/NAMD_2.12_Source.tar.gz tar -xf NAMD_2.12_Source.tar.gz cd NAMD_2.12_Source
构建和安装Charm bash
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 CHARMARCH=mpi-linux-aarch64 tar xvf charm-6.7.1.tar cd charm-6.7.1cd src/archmkdir $CHARMARCH cp mpi-linux/conv-mach.* $CHARMARCH cd $CHARMARCH sed -i "s/i386-gcc/generic64-light/" conv-mach.sh sed -i "/#endif/i #define CMK_64BIT 1" conv-mach.h cd ../../.../build charm++ $CHARMARCH --with-production -j8 cd ..
说明：因为针对ARM64，没有现成的ARCH配置，故自己拷贝一个类似的，然后修改。编译过程大约几分钟。
构建和安装NAMD 配置FFTW库（使用官方的版本） 下载FFTW库
bash
1 2 wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux-arm64.tar.gz tar xvf fftw-linux-arm64.tar.gz
也可以手动下载源码，并拷贝到NAMD解压后的目录。
bash
1 sed -i "s%\$(HOME)%`pwd`%" arch/Linux-ARM64.fftw
如果系统中已安装了fftw库，也可以直接使用，例如自己手动修改配置文件 arch/Linux-ARM64.fftw ，改为以下内容：
bash
1 2 3 4 5 FFTDIR=/usr/local /fftw FFTINCL=-I$(FFTDIR)/include FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lfftw3f FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW -DNAMD_FFTW_3 FFT=$(FFTINCL) $(FFTFLAGS)
说明：FFTWDIR=/usr/local/fftw，指的是fftw库安装的根目录，请修改为自己的目录。
配置TCL库的变量 下载TCL库
bash
1 2 wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-arm64-threaded.tar.gz tar xvf tcl8.5.9-linux-arm64-threaded.tar.gz
也可以手动下载源码，并拷贝到NAMD解压后的目录。
修改配置文件：
bash
1 sed -i "s%\$(HOME)%`pwd`%" arch/Linux-ARM64.tcl
配置NAMD ARCH的变量 bash
1 sed -i "s/multicore-arm7/mpi-linux-aarch64/" arch/Linux-ARM64-g++.arch
编译NAMD bash
1 2 3 4 5 ./config Linux-ARM64-g++ --charm-arch mpi-linux-aarch64 \ --with-fftw --with-tcl cd Linux-ARM64-g++time make -j8 2>&1 | tee m.log cd ..
编译过程大约几分钟。
配置运行环境 安装后的NAMD可以将其拷贝到目标目录，并设置PATH路径
bash
1 2 3 4 5 INSTALL_DIR=$HOME /software/namd/2.12 mkdir -p $INSTALL_DIR cp Linux-ARM64-g++/charmrun $INSTALL_DIR cp Linux-ARM64-g++/namd2 $INSTALL_DIR export PATH=$INSTALL_DIR :$PATH
测试 The Apoa1 example is a standard NAMD cross-platform benchmark. For more information on the Apoa1 example, see the NAMD website.
bash
1 2 3 wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/apoa1.tar.gz tar -xf apoa1.tar.gz mpirun -np 16 namd2 apoa1/apoa1.namd
更多 官网关于单节点多核版本的安装说明
有关NAMD的更多信息，请访问 NAMD 官网。
关于ARM平台应用程序移植和优化，请访问 Mr.ZhengGang 。
