分类
软件名称
下载
免费开源/商业
软件功能特点
生物医学
Chaste
http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/
免费开源
组织
OpenCMISS
http://physiomeproject.org/software/opencmiss
组织、器官
生物化学
COPASI
http://www.copasi.org/tiki-view_articles.php
细胞生物学
CellSys
http://ms.izbi.uni-leipzig.de/index.php/software/cellsys2010
细胞
生物信息学
shapeit
http://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html
序列比对
分子生物学
cp2k
http://www.cp2k.org/
分子结构
Gromacs
http://www.gromacs.org
模拟粒子体系的牛顿运动方程
Lammps
http://lammps.sandia.gov/
分子动力学和自由能模拟
Tinker
http://dasher.wustl.edu/tinker
生物分子动力学计算
Modeller
http://salilab.org/modeller
蛋白质结构预测
BWA
http://bio-bwa.sourceforge.net