超级计算机应用领域中常使用的库HPC系统及相关应用领域中的一些广泛使用的库
备注： 线性代数：提供用于求解线性方程组的数值算法库，是现代超级计算机中应用最广泛的。 基本线性代数子程序（BLAS）、线性代数包（Lapack）、可扩展的线性代数包（ScaLapack）、GNU科学库、（SuperLU）是一个HPC系统上通过LU分解用于通用稀疏方程组的直接求解器的库、用于特征值问题计算的可扩展库（SLEPc）是PETSc的扩展、（ELPA）是为厄密共轭矩阵中高度可扩展的特征值和特征向量计算而设计的免费软件、（Hypre）为线性方程组提供了一组高度可扩展的预处理器，以及已经在HPC社区中广泛使用的可扩展的迭代求解器和代数多重网格算法。 偏微分方程：用于科学计算的具有可移植、可扩展的工具包（PETSc）、（Trilinos）是分布在10个不同能力领域的库集合，每个库都对偏微分方程解决方案的应用产生直接影响。 图算法：可用于高性能图算法的3个库是并行提升库（Parallel Boost Graph Library，PBGL）、组合BLAS和Giraph. 并行输入/输出：并行I/O库为单个文件提供高性能输出，以避免产生与非并行I/O相关的问题，包括性能不佳以及创建大量单个文件。用于HPC I/O的公共库包括网络通用数据表（NetCDF）和分层数据格式（HDF5）。 网格分解：作为图和超图的分区软件，METIS系列是在多进程中划分有限元网络的最重要和使用最广泛的库之一，由METIS及其基于MPI的并行对应物MarMETIS组成。 可视化：VTK提供数百种可视化算法，使应用程序开发人员能够创建自己的可视化工具。它包括用于标量、向量、等值线的张量、流线和超流线的支持。 并行化：分布式内存架构最重要的并行化库是MPI库，对于SMP，最重要的并行化库是OpenMP和Pthreads。 信号处理：在提供离散傅里叶变换能力的库中，FFTW是使用最广泛的库之一。它通过称为“genft”的专用小码生成器进行速度优化，实际生成的是C语言代码。它用于两个广泛分布的分子动力学工具包，即NAMD和Gromacs。 性能监控：性能API（PAPI）提供了用于性能测试和便携式访问硬件性能计数器的工具，以监控软件性能。其他性能监控工具（如VampirTrace）可以与PAPI以及MPI、OpenMP和CUDA代码链接，以提供完成消息和线程的执行时间表。 |
