高性能计算


SCALAPACK编译


SCALAPACK(Scalable SAPACK)是一个并行计算软件包,适用于分布式并行计算机。它是为异构计算而设计的,支持任何MPI,具有高效、可移植、可伸缩、高可靠等优点,利用它的求解库可以开发出基于线性代数运算的并行应用程序。源码可以从http://netlib.org/scalapack下载。



下载源码包:wget http://www.netl...


Intel-MKL


Intel数学核心函数库(MKL)是一套高度优化、线程安全的数学例程、函数,面向高性能的工程、科学核财务应用。英特尔MKL的集群版本包括ScaLAPACK与分布式内存快速傅里叶转换,并提供了线性代数(BLAS、LAPACK和Sparse Solver)、快速傅里叶转换、矢量数学与随机号码生成器等功能。



MKL的主要功能如下:


BLAS和LAPACK


S...


FFTW编译安装


FFTW是一个快速计算离散傅里叶变换的标准C语言程序集,它包含对共享和分布式存储系统的并行变换,它可自动适应你的机器、缓存、存储器大小、寄存器个数。通常比目前其他开源Fourier变换程序都要快。



编译前的准备工作


需要并行计算,设置为可以使用MPI,首先在环境变量中指定MPI


vi .bashrc


添加以下语句:


#OPENMPI3.1


e...

BLAS(BasicLinearAlgebraSubprograms,基础线性代数程序集)是一个应用程序接口(API)标准,用以规范发布基础线性代数操作的数值库(如矢量或矩阵乘法)。Netlib用Fortran实现了BLAS的这些API接口,得到的库也叫做BLAS。


BLACS


BLACS(Basic Linear Algebra Communication Subprograms)是基本线性代数通信子程序,目的是创建一个面向线性代数的消息传递接口,该接口可以在多种分布式存储平台上高效、统一地实现。源码可以从http:www.netlib.org/blacs下载



下载源码包:wget http://www.netlib.org/blacs/m...

HPC系统及相关应用领域中的一些广泛使用的库应用领域HPC系统中广泛使用的库线性代数BLAS,Lapack,ScaLack,GNU Scientific Library,SuperLU,SLEPc,ELPA,Hypre偏微分方程PETSc,Trilinos图算法Boost Graph Library,Parallel Boost Graph Library输入/输出HDF5,Netcdf,S...

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