项目背景：       光催化技术作为一种高效、环保的绿色技术，在环境治理、能源转换和有机合成等领域具有广泛的应用前景。光催化领域的研究方法主要包括实验研究和理论计算。实验研究主要通过光谱分析、电化学测试、反应动力学等手段，探究光催化反应的机理和动力学过程。理论计算主要采用密度泛函理论（DFT）等方法，对光催化反应的微观过程进行模拟和预测。暨南大学化学与与材料学院某题组、五邑大学某课题组和澳...

项目背景：       高性能技术计算科学已逐渐成为人类科学研究的一大支柱。随着计算机技术的迅猛发展，强大的计算工具和物质基础为   HPC   的应用提供了可能，使人们可以借助计算科学来深化、优化、实验理论科学和扩展科学的研究，甚至在计算机系统上实现过去无法想象或根本无法触及的理论研究、应用开发和科学实验。在许多   HPC   应用领域，人们越来越期望借助计算机技术的新成果，通过更大规模...

SCALAPACK编译


SCALAPACK（Scalable SAPACK）是一个并行计算软件包，适用于分布式并行计算机。它是为异构计算而设计的，支持任何MPI，具有高效、可移植、可伸缩、高可靠等优点，利用它的求解库可以开发出基于线性代数运算的并行应用程序。源码可以从http://netlib.org/scalapack下载。



下载源码包：wget http://www.netl...

Intel-MKL


Intel数学核心函数库（MKL）是一套高度优化、线程安全的数学例程、函数，面向高性能的工程、科学核财务应用。英特尔MKL的集群版本包括ScaLAPACK与分布式内存快速傅里叶转换，并提供了线性代数（BLAS、LAPACK和Sparse Solver）、快速傅里叶转换、矢量数学与随机号码生成器等功能。



MKL的主要功能如下：


BLAS和LAPACK


S...

FFTW编译安装


FFTW是一个快速计算离散傅里叶变换的标准C语言程序集，它包含对共享和分布式存储系统的并行变换，它可自动适应你的机器、缓存、存储器大小、寄存器个数。通常比目前其他开源Fourier变换程序都要快。



编译前的准备工作


需要并行计算，设置为可以使用MPI，首先在环境变量中指定MPI


vi .bashrc


添加以下语句：


#OPENMPI3.1


e...

BLAS（BasicLinearAlgebraSubprograms，基础线性代数程序集）是一个应用程序接口（API）标准，用以规范发布基础线性代数操作的数值库（如矢量或矩阵乘法）。Netlib用Fortran实现了BLAS的这些API接口，得到的库也叫做BLAS。

BLACS


BLACS（Basic Linear Algebra Communication Subprograms）是基本线性代数通信子程序，目的是创建一个面向线性代数的消息传递接口，该接口可以在多种分布式存储平台上高效、统一地实现。源码可以从http:www.netlib.org/blacs下载



下载源码包：wget http://www.netlib.org/blacs/m...

OpenMPI 4.0的编译安装


安装步骤：


下载源码包并解压


wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.0.tar.bz2


tar -xvf openmpi-4.0.0.tar.bz2


根据OpenMPI 4.0的configur帮助说明，集群支持UCX，需要编译UCX

...

OpenMPI3.1的编译安装


用GCC编译OpenMPI，C、C++、Fortran77和Fortran90的编译器分别为mpicc，mpicxx，mpif70和mpif90


OpenMPI编译器






语言类型



MPI编译器






C



mpicc






C++



mpicxx






Fortran77



mpif77






Fo...

OpenMPI 4.0环境下多节点并行计算测试脚本


测试脚本vi test.pbs


#!/bin/bash


#PBS -N test


#PBS -l nodes=3:ppn=28


#PBS -l walltime=1500:00:00


#PBS -j oe


#PBS -q batch


nodecpu=’cat /proc/cpuinfo|grep proce...