系统：centos7.9编译器：intel2018mkl库：intel2018 安装步骤：进入解压安装包：$cd qe-7.3.1$./configure --prefix=/share/software/qe731  MPIF90=mpiifort CC=mpiicc F90=ifort F77=mpiifort -enable-parallel vi make.inc文件：FFLAGS ...

GPU：P100系统：centos7.9版本：lammps-2Aug2023环境：CUDA、fftw、oneapi（提前准备安装好）安装步骤：编辑lammps GPU模块$lammps-stable.tar.gz$cd lammps-2Aug2023/lib/gpu进入gpu文件夹,编辑Makefile.linuxvi Makefile.linux修改如下几项:CUDA_HOME =/usr...

具体安装步骤：1、安装 Gnome 桌面，Gnome桌面包含在“Server with GUI”里面：yum groupinstall "Server with GUI" -y2、安装vncserver：yum install tigervnc-server3、复制文件（将安装的vnc的配置文件复制到运行环境）：cp /lib/systemd/system/vncserver@.servic...

1. 系统环境用户系统环境：编译器 intel2015MPI mpich-3.2FFTW intel-mkl因此，编译qe需要的系统环境和依赖库具备，可以开始编译qe了。2. configure说明：$HOME/software/qe/6.5 为安装目录，可以自己指定--with-scalapack=intel 使用intel的scalapack库CC 等 是指定使用intel的编译器3. ...

简介CP2K是一种量子化学和固态物理软件包，可以执行固态，液态，分子，周期，材料，晶体和生物系统的原子模拟。 CP2K为不同的建模方法提供了一般框架，例如使用混合高斯和DFT的DFT接近GPW和GAPW。链接：官网地址，下载地址编译环境cp2k 支持 multi-threading, MPI, and CUDA单线程版本只需要串行编译器即可，多线程版本需要编译器支持例如-fopenmp参数，...

简介LAMMPS即Large-scale Atomic/MolecularMassivelyParallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。链接：官网地址，下载最新稳定版，下载指定版本编译环境需要的编译环境为：c/c++的编译器，如gcc/icc等mpi编译器，如mpich等fftw数学库下面以intel 2013 com...

简介GROMACS 是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。它的模拟程序包包含 GROMACS 力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。 GROMACS 是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大...

简介NAMD是一种平行分子动力学代码，设计用于大型生物分子系统的高性能模拟。 利用Charm ++并行编程框架，NAMD可以扩展到几个核心，用于典型的仿真，超过500,000个核心，用于最大的仿真。使用此系统编写的程序在具有或不具有共享内存的MIMD计算机上运行不变。 它提供了高级机制和策略，以促进开发甚至高度复杂的并行应用程序的任务。有关Charm ++或NAMD的更多信息，请分别访问 C...