2020-08-26 qe-6.5安装

1. 系统环境用户系统环境:编译器 intel2015MPI mpich-3.2FFTW intel-mkl因此,编译qe需要的系统环境和依赖库具备,可以开始编译qe了。2. configure说明:$HOME/software/qe/6.5 为安装目录,可以自己指定--with-scalapack=intel 使用intel的scalapack库CC 等 是指定使用intel的编译器3. ...

简介CP2K是一种量子化学和固态物理软件包,可以执行固态,液态,分子,周期,材料,晶体和生物系统的原子模拟。 CP2K为不同的建模方法提供了一般框架,例如使用混合高斯和DFT的DFT接近GPW和GAPW。链接:官网地址,下载地址编译环境cp2k 支持 multi-threading, MPI, and CUDA单线程版本只需要串行编译器即可,多线程版本需要编译器支持例如-fopenmp参数,...

简介LAMMPS即Large-scale Atomic/MolecularMassivelyParallel Simulator,可以翻译为大规模原子分子并行模拟器,主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。链接:官网地址,下载最新稳定版,下载指定版本编译环境需要的编译环境为:c/c++的编译器,如gcc/icc等mpi编译器,如mpich等fftw数学库下面以intel 2013 com...

简介GROMACS 是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含 GROMACS 力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。 GROMACS 是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大...

简介NAMD是一种平行分子动力学代码,设计用于大型生物分子系统的高性能模拟。 利用Charm ++并行编程框架,NAMD可以扩展到几个核心,用于典型的仿真,超过500,000个核心,用于最大的仿真。使用此系统编写的程序在具有或不具有共享内存的MIMD计算机上运行不变。 它提供了高级机制和策略,以促进开发甚至高度复杂的并行应用程序的任务。有关Charm ++或NAMD的更多信息,请分别访问 C...

系统环境:centos7安装步骤:1、解压、然后进入MS目录,输入:./install备注:centos7系统必须安装glibc.i686以下默认安装2、导入license证书,把license文件拷贝到 BIOVIA/LicensePac...

2020-04-04 VASP安装

在centos系统下1、安装intel编译器2、安装mpi并行软件3、安装库文件(ifort安装包里集合):      # cd   /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/interfaces/fftw3xf     # make libintel644、修改VASP里面的makfile.include    #cp arch/makefile.incl...

2020-04-04 openmpi安装

以openmpi-2.1.1.tar.gz为例1、创建安装目录:#mkdir /mnt/openmpi2、解压安装包后,进入openmpi,输入: ./configure --prefix=/opt/openmpi CC=icc FC=ifort CXX=icpc --enable-mpi-fortran3、上一步成功后,输入:make&&make install4、安装成功后,把路径写进环...

2020-04-02 ifort安装

安装步骤:把iso文件mount到/mnt上   mount Intel\ Parallel\ Studio\ XE\ 2015\ Cluster\ Edition-Linux.iso /mnt -o loop切换到/mnt目录上,并找到install.sh开始安装   ./install.sh输入1回车直接回车按空格键略过输入accept接受输入3默认回车输入证书路径,回车默认回车回车确认...

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