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分类软件名称版本免费开源/商业软件功能特点
生物医学Chaste3.3免费开源组织
生物医学OpenCMISS0.3免费开源组织、器官
生物化学COPASI4.15免费开源生物化学
细胞生物学CellSys5.0免费开源细胞
生物信息学shapeitv2.r790免费开源序列比对
分子生物学cp2k2.6.0免费开源分子结构
生物信息学impute2.3.2免费开源序列比对
分子生物学Gromacs4.5.3, 4.6.3, 5.0.1, 5.0.4, 5.   0.4-MIC免费开源模拟粒子体系的牛顿运动  方程
分子生物学Lammps14-Feb14, 1Aug13, 25Sep14, 9Oct14, 9Oct14-MIC免费开源分子动力学和自由能模拟
分子生物学Tinker7.1.2免费开源生物分子动力学计算
分子生物学Modeller9.14免费开源蛋白质结构预测
生物信息学BWA0.5.10-MIC, 0.7.10免费开源序列比对
分子生物学Nwchem6.5.0免费开源分子动力学和自由能模拟
分子生物学NAMD2.9, 2.10-CVS, 2.10-MIC免费开源生物分子动力学模拟
生物信息学BLAST2.2.30免费开源相似性序列比较和分析
生物信息学Blat36免费开源序列比对
生物信息学Bowtie2.2.6免费开源序列比对
生物信息学BWA0.7.12免费开源序列比对
生物信息学GMAP20160404免费开源序列比对
生物信息学STAR2.5.1免费开源序列比对
生物信息学hisat22.0.5免费开源序列比对
生物信息学Tophat2.0.14免费开源序列比对
生物信息学Velvet1.2.10免费开源序列组装
生物信息学CNVnator0.3.2免费开源CNV检测和分析
生物信息学CNVnator0.3.2免费开源CNV检测和分析
生物信息学Cufflinks2.21.1免费开源转录组分析
生物信息学GATK3.7免费开源变异检测和分析
生物信息学SnpEff4.3免费开源变异注释
生物信息学VarScan2.3.7免费开源变异检测和分析
生物信息学XHMM20150320免费开源变异检测
生物信息学BEAGLE2.1免费开源基因型检测和填补
生物信息学HMMER3.1b2免费开源相似序列检索
生物信息学IMPUTE22.3.2免费开源基因型填补
生物信息学PLINK1.9免费开源全基因组关联分析
生物信息学Samtools1.3.1免费开源NGS数据处理
生物信息学Picard1.129免费开源NGS数据处理
生物信息学FastQC0.11.5免费开源NGS数据质量控制
生物信息学Sambamba0.6.6免费开源NGS数据处理
生物信息学Cutadapt1.12免费开源NGS数据筛选
数据处理和统计分析Rstudio1.0免费开源基于网页的R语言集成开  发环境



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