常用软件

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免费开源/商业

软件功能特点

生物医学

Chaste

http://www.cs.ox.ac.uk/chaste/

免费开源

组织

生物医学

OpenCMISS

http://physiomeproject.org/software/opencmiss

免费开源

组织、器官

生物化学

COPASI

http://www.copasi.org/tiki-view_articles.php

免费开源

生物化学

细胞生物学

CellSys

http://ms.izbi.uni-leipzig.de/index.php/software/cellsys2010

免费开源

细胞

生物信息学

shapeit

http://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html

免费开源

序列比对

分子生物学

cp2k

http://www.cp2k.org/

免费开源

分子结构

分子生物学

Gromacs

http://www.gromacs.org

免费开源

模拟粒子体系的牛顿运动方程

分子生物学

Lammps

http://lammps.sandia.gov/

免费开源

分子动力学和自由能模拟

分子生物学

Tinker

http://dasher.wustl.edu/tinker

免费开源

生物分子动力学计算

分子生物学

Modeller

http://salilab.org/modeller

免费开源

蛋白质结构预测

生物信息学

BWA

http://bio-bwa.sourceforge.net

免费开源

序列比对