AutoDock的编译安装


AutoDock的编译安装

AutoDock简介

AutoDock是一款开源免费的计算机辅助药物设计软件,最主要应用于执行配体—蛋白分子对接,主要包括AutoDock和AutoGrid两个模块。它由Sripps研究所的Olson实验室开发与维护。


1、编译安装autoconf

$ mkdir /home/baolu/autoconf2.69

$ cd /home/baolu/autodock/autoconf-2.69

$ ./configure --prefix=/home/baolu/autoconf2.69

出现这个报错,需要在线安装emacs和xemacs,否则无法安装

$ yum install -y emacs xemacs

$ make

# make install


然后在家目录下配置环境变量

$ vi .bashrc

添加以下语句export PATH=/home/baolu/autoconf2.69/bin:$PATH


2、编译安装automake

$ mkdir /home/baolu/automake1.16

$ cd /home/baolu/autodock/automake-1.16

$ ./configure --prefix=/home/baolu/automake1.16 CC=gcc FC=gfortran

$ make

报错


这时需要修改Makefile,在3694行的末尾加上--no-discard-stderr

$ vi Makefile

重新make和make install


配置环境变量

$ vi .bashrc

添加语句export PATH=/home/baolu/automake1.16/bin:$PATH


3、编译安装autodock

解压后进入autodock目录

$ mkdir /home/baolu/AutoDock

$ cd /home/baolu/autodock/src/autodock

$ ./configure --prefix=/home/baolu/AutoDock

$ make && make install

编译安装完成,在指定安装目录里生成bin文件夹,其中有autodock4和autodock4.omp两个可执行文件。


4、编译安装autogrid

解压后进入autogrid目录

$ cd /home/baolu/autodock/src/autogrid

$ ./configure --prefix=/home/baolu/AutoDock

$ make && make install

编译安装完成,在指定安装目录里生成autogrid4可执行文件。


5、配置环境变量

$ vi .bashrc

添加以下语句

export PATH=/home/baolu/AutoDock/bin:$PATH


6、测试

到测试包里随机抽取一个文件测试

$ cd /home/baolu/autodock/src/autodock/Tests

$ autodock4 -p 1pgp.dpf

生成1pgp.dlg文件,然后查看这个文件结果


结果显示计算正常结束,说明AutoDock编译安装成功了。


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