应用软件
2020-08-26
1. 系统环境用户系统环境:编译器 intel2015MPI mpich-3.2FFTW intel-mkl因此,编译qe需要的系统环境和依赖库具备,可以开始编译qe了。2. configure说明:$HOME/software/qe/6....
2020-05-14
简介LAMMPS即Large-scale Atomic/MolecularMassivelyParallel Simulator,可以翻译为大规模原子分子并行模拟器,主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。链接:官网地址,下载最新稳定版...
2020-05-15
简介CP2K是一种量子化学和固态物理软件包,可以执行固态,液态,分子,周期,材料,晶体和生物系统的原子模拟。 CP2K为不同的建模方法提供了一般框架,例如使用混合高斯和DFT的DFT接近GPW和GAPW。链接:官网地址,下载地址编译环境cp...
2020-05-06
简介NAMD是一种平行分子动力学代码,设计用于大型生物分子系统的高性能模拟。 利用Charm ++并行编程框架,NAMD可以扩展到几个核心,用于典型的仿真,超过500,000个核心,用于最大的仿真。使用此系统编写的程序在具有或不具有共享内存...
2020-05-08
简介GROMACS 是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含 GROMACS 力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究...
2020-05-04
Materials Studio是美国Accelrys公司生产的新一代材料计算软件,它是商业软件哦。在天河系统上如果用户希望使用它,请安装使用正版软件。结合slurm的作业管理系统,可以使用我们编写的 ms-th-1A.sh 脚本提交任务。这个脚本的使用方法为:bash1yhbatch -N NNODES -n NPROCS -p PARTITION ms-th-1A.sh server s...
2020-04-05
系统环境:centos7安装步骤:1、解压、然后进入MS目录,输入:./install备注:centos7系统必须安装glibc.i686以下默认安装2、导入license证书,把license文件拷贝到 BIOVIA/LicensePac...
2020-04-04
在centos系统下1、安装intel编译器2、安装mpi并行软件3、安装库文件(ifort安装包里集合):      # cd   /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/interfaces/fftw...
2020-04-04
以openmpi-2.1.1.tar.gz为例1、创建安装目录:#mkdir /mnt/openmpi2、解压安装包后,进入openmpi,输入: ./configure --prefix=/opt/openmpi CC=icc FC=if...
2020-04-02
ifort安装安装步骤:把iso文件mount到/mnt上   mount Intel\ Parallel\ Studio\ XE\ 2015\ Cluster\ Edition-Linux.iso /mnt -o loop切换到/mnt目...
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